Ce travail, qui fait partie des trois projets sélectionnés dans le cadre du programme DECRYPTHON (mis en place par l’Association Française contre les Myopathies, le CNRS et IBM) [1] pour l’année 2005, entend réaliser une étude à grande échelle des interactions protéine-protéine afin de mieux comprendre leur spécificité. En effet, les phénomènes d’association protéique jouent un rôle majeur dans le fonctionnement cellulaire, et leur compréhension représente un problème fondamental de la biologie, où des avancées auraient des conséquences immédiates dans le domaine de l’ingénierie protéique. Notre objectif est donc de combiner des approches bioinformatiques (mises au point dans le groupe de Génomique Analytique) et de modélisation moléculaire (développées au Laboratoire de Biochimie Théorique), afin de pouvoir localiser les sites d’interaction à la surface des protéines et identifier les partenaires potentiels d’une protéine donnée au sein d’une base de données comprenant des milliers structures (du type Protein Data Bank [2]).
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Sacquin-Mora, Sophie; Lavery, Richard; Trojan, Ladislas; Carbone, Alessandra. Une opération de docking croisé à grande échelle pour la détection de partenaires protéiques potentiels.. Femmes & math, Forum 8 des Jeunes Mathématiciennes, Tome 8 (2006), pp. 77-81. http://archive.numdam.org/item/RFM_2006__8__77_0/
[1] http ://www.decrypthon.fr.
[2] H. M. Berman, J. Westbrook, Z. Feng, G. Gilliland, T.N. Bhat, H. Weissig, I.N. Shindyalov, and P.E. Bourne, The Protein Data Bank, Nucleic Acids Research, 28, 235 (2000).
[3] R. Mendez, R. Leplae, M. F. Lensink, and S. J. Wodak, Assessment of CAPRI predictions in rounds 3-5 show progress in docking procedures, Proteins 60, 150 (2005).
[4] M. Zacharias, Protein-protein docking with a reduced protein model accounting for side-chain flexibility, Protein Science 12, 1271 (2003).
[5] J. Mintseris, K. Wiehe, B. Pierce, R. Anderson, R. Chen, J. Janin, and Z. Weng, Protein-protein docking benchmark 2.0 : An update, Proteins 60, 214 (2005).
[6] http ://www.worldcommunitygrid.org.
[7] O. Lichtarge and M. E. Sowa, Evolutionary predictions of binding surfaces and interactions, Curr. Opin. Structur. Biol. 12, 21 (2002).
