Statistics/Probability Theory
An iterative procedure for differential analysis of gene expression
[Procédure itérative pour l'analyse différentielle d'expression de gènes]
Comptes Rendus. Mathématique, Tome 337 (2003) no. 5, pp. 343-346.

Les biopuces constituent une technologie très utilisée pour étudier si des gènes s'expriment différemment entre deux conditions. Dans cette Note nous proposons une méthode itérative pour rechercher le plus grand sous-ensemble de gènes non-différentiellement exprimés. Nous prouvons une relation de type chaı̂ne de Markov d'ordre deux qui simplifie fortement les calculs. Nous obtenons de manière explicite le FDR associé à notre procédure ainsi que le niveau du test à chaque étape.

Microarrays are a popular technology to study genes that are differentially expressed between two conditions. In this Note, we propose an iterative procedure to determine the biggest subset of non-differentially expressed genes. We prove a pseudo Markov relationship that allows practical computations. We obtain explicit expressions for FDR and the level of the proposed test at each step.

Reçu le :
Accepté le :
Publié le :
DOI : 10.1016/S1631-073X(03)00365-0
Bar-Hen, Avner 1 ; Robin, Stéphane 2

1 Université Aix-Marseille III, FST Saint Jérôme, case 451, 13397 Marseille cedex 20, France
2 INA-PG/INRA Biométrie, 16, rue Claude Bernard, 75005 Paris, France
@article{CRMATH_2003__337_5_343_0,
     author = {Bar-Hen, Avner and Robin, St\'ephane},
     title = {An iterative procedure for differential analysis of gene expression},
     journal = {Comptes Rendus. Math\'ematique},
     pages = {343--346},
     publisher = {Elsevier},
     volume = {337},
     number = {5},
     year = {2003},
     doi = {10.1016/S1631-073X(03)00365-0},
     language = {en},
     url = {http://archive.numdam.org/articles/10.1016/S1631-073X(03)00365-0/}
}
TY  - JOUR
AU  - Bar-Hen, Avner
AU  - Robin, Stéphane
TI  - An iterative procedure for differential analysis of gene expression
JO  - Comptes Rendus. Mathématique
PY  - 2003
SP  - 343
EP  - 346
VL  - 337
IS  - 5
PB  - Elsevier
UR  - http://archive.numdam.org/articles/10.1016/S1631-073X(03)00365-0/
DO  - 10.1016/S1631-073X(03)00365-0
LA  - en
ID  - CRMATH_2003__337_5_343_0
ER  - 
%0 Journal Article
%A Bar-Hen, Avner
%A Robin, Stéphane
%T An iterative procedure for differential analysis of gene expression
%J Comptes Rendus. Mathématique
%D 2003
%P 343-346
%V 337
%N 5
%I Elsevier
%U http://archive.numdam.org/articles/10.1016/S1631-073X(03)00365-0/
%R 10.1016/S1631-073X(03)00365-0
%G en
%F CRMATH_2003__337_5_343_0
Bar-Hen, Avner; Robin, Stéphane. An iterative procedure for differential analysis of gene expression. Comptes Rendus. Mathématique, Tome 337 (2003) no. 5, pp. 343-346. doi : 10.1016/S1631-073X(03)00365-0. http://archive.numdam.org/articles/10.1016/S1631-073X(03)00365-0/

[1] Benjamini, Y.; Hochberg, Y. Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, JRSSB, Volume 57 (1995) no. 1, pp. 289-300

[2] Holm, S. A simple sequentially rejective multiple test procedure, Scand. J. Statist., Volume 6 (1979), pp. 65-70

[3] Tusher, V.G.; Tibshirani, R.; Chu, G. Significance analysis of microarrays applied to the ionizing radiation response, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, Volume 98 (2001), pp. 5116-5121

Cité par Sources :